Vaiko žarnyno mikrobiota pradeda formuotis iškart po gimimo ir aktyviai vystosi per ateinančius dvejus-trejus metus. Artėjant trejiems metams, vaiko bakterijų sudėtis ir įvairovė yra didesnė nei suaugusiojo. Motinos duotos bakterijos vaikui užtikrina palankią aplinką ir skatina jo tinkamą mitybą. Pieno rūgšties bakterijos yra viena iš pirmųjų bakterijų grupių, kolonizuojančių kūdikio virškinimo sistemą, todėl jų vartojimas pirmaisiais vaiko gyvenimo metais yra svarbus. Vaiko mikrobiotą dažniausiai veikia du veiksniai: pirma, mityba ir, antra, vėlyvas antibiotikų vartojimas.