Imikute soolestiku mikrobioota hakkab moodustuma pärast sündi ja areneb edasi kahe kuni kolme aasta jooksul. Ligikaudu kolmeaastaselt ületab lapse bakterite koostis ja mitmekesisus juba täiskasvanute oma. Laps saab ema rinnast baktereid, mis on kasulikud tema seedetraktile ja toitumisele. Laktobatsillid on ühed esimestest organismidest, mis asustavad imiku seedesüsteemi, mistõttu on nende tarbimine varases lapsepõlves soovitatav. Teadaolevad tegurid, mis mõjutavad lapse mikrobioomi, on peamiselt toitumisharjumused ja antibiootikumikuurid.